Die akustisch evozierten Potenziale (AEP) überprüfen die Nervenfasern der Hörbahn, die durch den von der MS besonders oft betroffenen Hirnstamm laufen. Gereizt wird über einen Kopfhörer mit einem gleich bleibenden kurzen Geräusch sowohl beidseits als auch jedes Ohr getrennt. Die Ableitung erfolgt mit Elektroden von der Kopfoberfläche hinter den Ohren . In der Regel werden nur die so genannten frühen akustisch evozierten Potenziale ausgewertet, die innerhalb der ersten 10 Millisekunden zu beobachten sind.
Typische AEP-Veränderungen bei MS bestehen am häufigsten in Amplitudenminderungen, daneben wie bei den VEPs in Verzögerungen (Latenzverlängermgen) der einzelnen Wellenbestandteile (meist erst ab der dritten von insgesamt fünf Wellen) beziehungsweise ihres Abstandes untereinander auf einer oder beiden Seiten .
Die Häufigkeit krankhafter Befunde der AEPs bei MS liegt zu Beginn einer Erkrankung bei etwa 30 Prozent und über den ganzen Verlauf bei durchschnittlich 50-60 Prozent.