Eine Magnetresonanztomographie sollte (wie übrigens jede andere Untersuchungsmethode auch) dann wiederholt werden, wenn die bisherigen Befunde nicht eindeutig waren oder sich wesentliche neue Aspekte ergeben haben. Letzteres kann zum Beispiel der Fall sein, wenn die Untersuchung nach einer Sehnervenentzündung unauffällig war und einige Zeit später erneute Beschwerden wie z. B. Taubheitsgefühle oder Kraftlosigkeiten an Armen oder Beinen auftreten.
Die Magnetresonanztomographie hat inzwischen eine große Bedeutung in der Beurteilung des Krankheitsverlaufs einer MS. Da eine eindeutige Beziehung zwischen der Krankheitsaktivität und der Zunahme von Entzündungsherden besteht , kann es sinnvoll sein, diese Untersuchung für Entscheidungen über die richtige Langzeitbehandlung zu wiederholen. Regel- oder routinemäßig durchgeführte Kontrollen mit der Magnetresonanztomographie ohne konkrete Fragestellung sind hingegen nicht sinnvoll.